香港中文大学（深圳）实行书院制，截至目前，大学已有逸夫书院、学勤书院、思廷书院、祥波书院、道扬书院、厚含书院、第七书院七所书院。书院着重全人发展，将不同学科和文化背景的学生聚集在一起，提供众多非形式教育机会，与学院的专业课程相辅相成。
香港中文大学深圳校区的王牌专业基本上是跟着香港中文大学本部校区的王牌专业走的。计算机科学、金融和经济、心理学等均为港中深的王牌专业。根据QS世界大学排名，香港中文大学（深圳）的计算机科学与工程专业在2020年的排名中位列全球第50名，足以证明其在国际上的声誉和实力。
